Genotipo integral para casos individuales de cáncer

La genotipificación se llevó a cabo en el ADN derivado de muestras tumorales fijadas en formol e incluidas en parafina (FFPE) usando SNaPshot, un ensayo de análisis de mutaciones específicas diseñadas por el grupo. La plataforma, SNAPshot, consta de PCR multiplexadas y las reacciones de extensión de una sola base que generan sondas marcadas con fluorescencia diseñado para discernir sitios de mutación hotspots.

De las muestras , en 546, había suficiente tejido para ser analizado. El tiempo de respuesta varió de una a 8,9 semanas; el tiempo más largo por lo general fue el resultado de muestras que fueron reexaminadas. En 282 (51%) de las muestras se descubrieron una o más mutaciones o reordenamientos, siendo las más frecuentes: 13% en el receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGRF), un 5% en el receptor de la tirosina quinasa del linfoma anaplásico (ALK), 24 % en el homólogo del oncogén viral del sarcoma de rata Kirsten (KRAS), 4% en la quinasa phosphoinositide-3, genes catalíticos, alfa polipéptido (PIK3CA) y el 5% en la proteína tumoral p53 (TP53).

De los 353 participantes, los 170 que tenían enfermedad avanzada en estadio IIIB, IV o recurrente, tenían mutaciones genéticas o reordenamientos en el homólogo B1 del oncogén viral del sarcoma murino, v-raf (BRAF), el receptor del factor de crecimiento epidérmico 2 (HER2), ALK , PIK3CA, EGRF, y los genes KRAS. Estos pacientes fueron clasificados como “potencialmente objeto de orientación”, ya que podían unirse a los ensayos clínicos que analizan medicamentos dirigidos a estos cambios genéticos. La selección genética SNAPshot se basa en la plataforma de Applied Biosystems (Carlsbad, California, EUA).

Lecia Sequist, MD, MPH, autora principal del estudio, dijo: “Hasta donde sabemos somos el primer centro en ofrecer esta amplia selección genética multiplexada a todos los pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas. La genotipificación amplia va a formar parte del cuidado diario de todos los pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas: el campo se está moviendo claramente en esa dirección. Nuestro estudio es emocionante porque demuestra que, efectivamente, es posible, hoy en día, integrar las pruebas de múltiples biomarcadores genéticos en una clínica ocupada y dirigir a los pacientes hacia terapias personalizadas”. SNaPshot se puede realizar en la mayoría de los laboratorios clínicos existentes de diagnóstico molecular afiliados a hospitales y otras instituciones, utilizando equipos ya disponibles. El estudio fue publicado el 9 de noviembre de 2011, en la revista de cáncer Annals of Oncology.

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Massachusetts General Hospital
Applied Biosystems