Secuenciación basada en semiconductores logra genotipificación rápida del cáncer

Las plataformas de genotipificación deberían suministrar un tiempo de respuesta rápida y trabajar con efectividad, usando cantidades limitadas de ADN.

Se ha descrito un método que combina la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), altamente multiplexada, con la secuenciación basada en semiconductores, que funciona bien con muestras de tejido fijadas en formol, y colocadas en parafina (FFPE) que a menudo producen ADN de baja calidad.

Los científicos del Instituto del Cáncer Knight (Portland, OR, EUA) han descrito la secuenciación de ADN, usando semiconductores, a partir de muestras FFPE utilizando un panel multiplexado, de un solo tubo, de 190 amplicones dirigidos contra 46 genes del cáncer. Se utilizó un conjunto de validación de 45 muestras tumorales en FFPE, que contenían 53 mutaciones puntuales, identificadas previamente con una plataforma de genotipificación basada en la espectrometría de masas, junto con 19 indeles que variaban desde 4 hasta 63 pares de bases (pb), para evaluar el rendimiento del análisis.

Los investigadores usaron tan poco como 10 ng de ADN como material de partida, con profundidades medias de lectura de 2.000 veces, lo que se puede conseguir en 48 horas, con más de 95% de las lecturas en el blanco. Con un punto de corte de la relación alelo a mutante de 8%, fueron capaces de alcanzar 100% de sensibilidad y 95,1% de especificidad para la detección de las mutaciones puntuales. Todos los indeles eran visibles por la inspección manual de las lecturas alineadas; 6/9 indeles que eran iguales o mayores que 12 pb de longitud, fueron detectados, por el software, de llamada de variantes, de manera exacta o como nucleótidos no coincidentes dentro de la región indel. Los indeles son una clase especial de mutación, por lo general definida como una mutación que resulta en una inserción co-localizada y la deleción y una ganancia o pérdida neta de nucleótidos.

Diecinueve inserciones y deleciones conocidas fueron visibles en la inspección manual de las lecturas alineadas, aunque sólo se identificaron dos con exactitud por el software de llamada de las variantes. Se espera, que será necesaria la inspección manual para evaluar regiones comunes de genes conocidos por contener indeles grandes, como en el homólogo del oncogén viral del sarcoma felino (KIT) v-kit Hardy-Zuckerman 4 y el receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR). Se observaron 27 variantes en los genes que no habían sido previamente analizadas en estas muestras, y todas fueron confirmadas.

Los autores concluyeron que el rápido tiempo de respuesta y los bajos requisitos de ADN como punto de partida, hacen de la PCR multiplex y de la secuenciación basada en semiconductores una opción viable para la detección de mutaciones en un laboratorio clínico. El estudio fue publicado en la edición de marzo de 2013, de la revista Journal of Molecular Diagnostics.

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Knight Cancer Institute