Análisis con sonda detecta mutaciones genéticas de enfermedades cardiacas

Un artículo reciente describe un novedoso análisis por secuenciación de próxima generación (NGS) para detectar las mutaciones genéticas de las enfermedades cardíacas con exactitud, flexibilidad, tiempo de respuesta y costo más convenientes.

Mediante el uso de sondas de ADN bicatenario (sondas complementarias largas de candado o cLPP), unos investigadores de la Universidad de Stanford (Palo Alto, CA, EUA) redujeron el número de análisis requeridos para diagnosticar las anomalías cardiovasculares hereditarias. El método actual implica la secuenciación de miles de genes, cuesta mil dólares o más por paciente y requiere semanas o meses para obtener los resultados. El método basado en las cLPP analiza sólo los 88 genes que se sabe que portan las mutaciones de los defectos cardíacos, cuesta alrededor de 100 dólares por paciente y permite obtener los resultados en un lapso de tres días.

Las cLPP son oligonucleótidos largos, de alrededor de 100 bases, que contienen regiones complementarias del objetivo en sus dos extremos, 5' y 3'. Estas regiones reconocen secuencias adyacentes en el ADN buscado y ubican entre estos segmentos los sitios de unos cebadores universales y un identificador de secuencia único, el denominado ZipCode. Tras la hibridación, los extremos de las sondas se colocan en posición adyacente y se pueden unir por unión enzimática. Esta unión y la molécula circular resultante sólo se pueden producir cuando los dos segmentos de los extremos reconocen correctamente sus secuencias de destino. Las sondas que no se han hecho circulares son eliminadas mediante un tratamiento con exonucleasa, mientras que las que sí se han hecho circulares pueden ser amplificadas gracias al uso de cebadores universales. Posteriormente, los productos específicos que se buscan son detectados con un micropanel universal del ZipCode complementario (cZipCode). Se ha demostrado que las cLPP poseen buena especificidad y muy alta capacidad de multiplexación para los estudios de genotipificación.

Los investigadores, informaron en la edición digital del 11 de agosto de 2015 de la revista Circulation Research, que habían usado las cLPP para captar y amplificar la región de codificación completa y las secuencias reguladoras e intrónicas de acompañamiento de 88 genes y de 40 microARN (miARN) asociadas con anomalías cardíacas hereditarias, cardiopatías congénitas (CHD) y el desarrollo cardíaco. El análisis detectó correctamente las variantes de la línea germinal en 24 pacientes y reveló varias regiones polimórficas del miR-499.

Esta nueva técnica podría finalmente permitirles a los médicos diagnosticar cardiopatías genéticas mediante el escaneo rápido de los 88 genes que se sabe que causan anomalías cardíacas. El autor principal, el Dr. Joseph Wu, profesor de medicina y radiología cardiovascular de la Universidad de Stanford, dijo: “Supongamos que tenemos un paciente de 60 años de edad, quien llega con una insuficiencia cardíaca. Hacemos un angiograma y nos encontramos con que no tiene antecedentes de ataques al corazón ni ningún otro problema y sin embargo, su corazón no está funcionando bien. También encontramos que varios miembros de su familia tienen afecciones cardíacas similares. Así que si corremos este nuevo test genético y encontramos que la enfermedad de este paciente tiene una causa genética, como una miocardiopatía por dilatación. Tendremos entonces tanto una causa como un diagnóstico y podremos iniciar un tratamiento de inmediato”.

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Stanford University