Diversas enfermedades renales crónicas pueden ser diagnosticadas utilizando la secuenciación del exoma

La secuenciación del exoma emerge como un método de diagnóstico de primera línea en algunas disciplinas clínicas, pero su utilidad aún no se ha examinado para la mayoría de los trastornos constitucionales en adultos, incluida la enfermedad renal crónica, que afecta a más de 1 de cada 10 personas en todo el mundo.

La captura y secuenciación dirigida de las regiones codificantes de proteínas del genoma a través de la secuenciación del exoma se aplica, cada vez más, como una herramienta de diagnóstico de primera línea en la medicina clínica, en particular para el diagnóstico de trastornos metabólicos y del desarrollo neurológico en los niños, así como para la detección de mutaciones causales en el cáncer.

Un gran equipo de científicos dirigido por los de la Universidad de Columbia (Nueva York, NY, EUA), realizó la secuenciación del exoma y el análisis diagnóstico en dos cohortes, con un total de 3.315 pacientes con enfermedad renal crónica. En total, 3.037 pacientes (91,6%) tenían más de 21 años y 1.179 (35,6%) eran de ascendencia no europea autoidentificada.

Se aisló el ADN genómico de muestras obtenidas de pacientes de acuerdo con los protocolos estándar, y la captura de la secuencia se realizó con el kit NimbleGen SeqCap Exome EZ (Roche Sequencing, Basilea, Suiza) o con el kit IDT xGen Panel de Investigación del Exoma (Integrated DNA Technologies, San José, CA, EUA) y se analizó con una línea de investigación interna para identificar variantes de diagnóstico para la enfermedad renal de los pacientes. La secuenciación de extremo emparejado se realizó en la plataforma 2500 HiSeq (Illumina, San Diego, CA, EUA) o en la plataforma Illumina NovaSeq 6000, con lecturas de 125 pb y 150 pb, respectivamente.

Los científicos detectaron entre los 307 pacientes diagnosticados con la ayuda de los datos de la secuencia del exoma, 206 casos de enfermedad autosómica dominante, 42 individuos con enfermedad autosómica recesiva, 54 con enfermedades relacionadas con el cromosoma X y cinco individuos con más de un diagnóstico molecular. La proporción de casos diagnosticados con secuencias del exoma se incrementó en los casos no diagnosticados previamente con pruebas clínicas estándar. Allí, las secuencias del exoma condujeron a diagnósticos moleculares en 48 (más del 17%) de esos casos. En otros 18 pacientes se refinaron sus diagnósticos con los nuevos datos genéticos, mientras que los hallazgos secundarios en genes no relacionados con la enfermedad renal, incluidos los genes relacionados con la inmunosupresión, informaron los tipos de tratamientos proporcionados para aún más personas con enfermedad renal crónica.

Los autores concluyeron que sus hallazgos apoyan la utilidad diagnóstica de la secuenciación del exoma en diferentes categorías clínicas de la enfermedad renal y resaltan el potencial de las pruebas genéticas para dirigir con exactitud a los pacientes a ensayos clínicos relevantes y terapias dirigidas, alentando investigaciones similares en otras subespecialidades. El estudio fue publicado el 13 de diciembre de 2018 en la revista The New England Journal of Medicine.

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Universidad de Columbia
Roche Sequencing
Integrated DNA Technologies
Illumina