Análisis de captura molecular dirigida detecta las alteraciones de significancia clínica en oncología

El rápido descubrimiento de variantes genéticas clínicamente significativas se ha traducido en ensayos de secuenciación de próxima generación, que se vuelven obsoletos cuando se diseñan, validan e implementan.

La necesidad de evaluar exhaustivamente las muestras clínicas de cáncer para una lista cada vez mayor de alteraciones críticas con el fin de tomar decisiones terapéuticas llevó a la adopción de grandes paneles genéticos de “contenido fijo” que utilizaron secuenciación masiva paralela, más comúnmente conocida como secuenciación de próxima generación (NGS).

Los científicos del Laboratorio Médico del Centro Médico de la Universidad de Washington (Seattle, WA, EUA), usaron muestras de ADN, para la validación de su Panel OncoPlex Cancer Gene versión 6 (UW-OPXv6), derivadas de 108 muestras únicas de 29 diferentes neoplasias de adultos y pediátricas, incluidas neoplasias malignas del sistema nervioso central (SNC), leucemia/linfoma, melanoma, sarcoma y carcinomas de pulmón, mama, endometrio, intestino y próstata, además de cinco muestras de línea germinal. UW-OncoPlex es un ensayo de mutación multiplexada para tejido tumoral que evalúa mutaciones >350 genes relacionados con el tratamiento, el pronóstico o el diagnóstico del cáncer.

El equipo describió la validación de OncoPlex versión 6 (OPXv6) para la detección de variantes de un solo nucleótido (SNV), inserciones y deleciones (indels), variantes en el número de copias (VNC), variantes estructurales (VE), inestabilidad de microsatélites (MSI) y carga mutacional tumoral (TMB) en un panel de 340 genes.

Todas las muestras tenían caracterización molecular previa a través de pruebas clínicas ortogonales que incluían ensayos de NGS basados en la captura de híbridos y en amplicones desarrollados en laboratorio y/o un ensayo de secuenciación de ARN comercial personalizado (FusionPlex, ArcherDx, Boulder, CO, EUA). El ADN se extrajo usando uno o más kits de Qiagen (Qiagen, Valencia, CA, EUA), dependiendo del tipo de muestra y la extracción de ácido nucleico deseada. Las bibliotecas se prepararon a partir de ADN genómico y sin células, se hibridaron con un panel personalizado de sondas xGen Lockdown y se secuenciaron en plataformas Illumina (Illumina, San Diego, CA, EUA). Las secuencias se procesaron a través de una tubería bioinformática personalizada, y las llamadas variantes se compararon con los resultados clínicos ortogonales anteriores.

Los científicos informaron que las características de desempeño de OPXv6 son excelentes para todas las clases de variantes ensayadas (SNV, Indels, VE y VNC), tanto mediante protocolos estándar como en el contexto de una disminución de la entrada de ADN y múltiples métodos de extracción de ácido nucleico. La exactitud fue del 99% para SNV ≥ 5% de fracción alélica, 98% para indeles, 97% para VE, 99% para VNC, 100% para MSI y 100% para TMB. El tiempo de preparación de la biblioteca disminuyó en un 40%, y la calidad de la secuencia mejoró con un aumento de 2,5 veces en la cobertura de secuencia promedio y un aumento de 4 veces en el porcentaje en el objetivo.

Los autores concluyeron que OPXv6 demuestra mejoras con respecto a las versiones anteriores de UW-OncoPlex, incluido un menor costo de captura, una mejor calidad de secuenciación y un menor tiempo para el resultado. El diseño de la sonda de captura modular también proporciona una respuesta ágil de laboratorio para abordar las expansiones necesarias para satisfacer las necesidades del campo en constante evolución de la oncología molecular. El estudio fue publicado el 3 de febrero de 2020 en la revista Practical Laboratory Medicine.

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Centro Médico de la Universidad de Washington
ArcherDx
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