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Estratifican firma transcripcional nueva de tres genes para los contactos en la tuberculosis

Por el equipo editorial de LabMedica en español
Actualizado el 04 Mar 2020
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Imagen: El kit Nextseq 500/550 High Output 75 cycle ofrece químicas potentes de secuenciación en tan solo 10 minutos de tiempo práctico (Fotografía cortesía de Illumina).
Imagen: El kit Nextseq 500/550 High Output 75 cycle ofrece químicas potentes de secuenciación en tan solo 10 minutos de tiempo práctico (Fotografía cortesía de Illumina).
El agente causante de la tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis (Mtb) es un patógeno obligado. El mayor riesgo de tuberculosis surge en los primeros meses después de la exposición. El tratamiento temprano también ofrece la oportunidad de adoptar regímenes de tratamiento más cortos y simples, limitar la patología y reducir la morbilidad asociada a la tuberculosis.

Se usa ampliamente la detección de la memoria inmune para Mtb mediante ensayos de liberación de interferón gamma (IGRA) o la prueba cutánea de tuberculina (TST) para identificar a los individuos infectados, pero estas pruebas tienen poca sensibilidad. Los biomarcadores transcripcionales de la sangre de la tuberculosis pueden ser anteriores al diagnóstico clínico, lo que sugiere que ofrecen una sensibilidad mejorada para detectar la enfermedad incipiente subclínica.

Un equipo de científicos del University College de Londres (Londres, Reino Unido) combinó el análisis de los datos transcriptómicos de sangre publicados anteriormente con los nuevos datos de una cohorte prospectiva del virus de inmunodeficiencia humana (VIH) del Reino Unido de 333 contactos de tuberculosis. Utilizaron la selección de estabilidad como un enfoque computacional alternativo para identificar una firma óptima para el riesgo a corto plazo de tuberculosis activa y evaluaron su valor predictivo en cohortes independientes. En el momento de la inscripción, los IGRA se realizaron utilizando el ensayo QuantiFERON-TB Plus (Qiagen, Hilden, Alemania) y se recogió ARN de sangre periférica en tubos Tempus para análisis transcripcional por secuenciación de ARN. La secuenciación se realizó en el Illumina Nextseq usando el kit Nextseq 500/550 High Output 75 cycle (Illumina, San Diego, CA, EUA).

En un estudio sudafricano de casos y controles, VIH negativos, publicado anteriormente en pacientes con infección asintomática por M. tuberculosis, una nueva firma transcripcional de 3 genes que comprende el BATF2, el GBP5 y el SCARF1 logró un valor predictivo positivo (VPP) del 23% para la progresión a tuberculosis activa dentro de los 90 días posteriores. El equipo probó la capacidad de BATF2 por sí solo para identificar la enfermedad incipiente de tuberculosis en la cohorte. En una nueva cohorte del Reino Unido de 333 contactos de tuberculosis VIH negativos con una mediana de seguimiento de 346 días, esta firma logró un VPP del 50% y un valor predictivo negativo del 99,3%. En comparación, los ensayos de liberación de interferón gamma de sangre periférica en la misma cohorte lograron un VPP de 5,6%.

Los autores concluyeron que esta firma transcripcional de sangre brinda oportunidades sin precedentes para dirigir la terapia entre los contactos de tuberculosis con mayor riesgo de enfermedad incidente. El estudio fue publicado el 1 de marzo de 2020 en la revista Clinical Infectious Diseases.

Enlace relacionado:
University College London
Qiagen
Illumina


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