Secuenciación del ARN mejora detección de fusión genética para diagnóstico de cánceres infantiles

Los reordenamientos cromosómicos en los genomas de las células tumorales pueden conducir a la formación de transcritos quiméricos o fusiones de genes. Se estima que las fusiones de genes juegan un papel clave en la tumorigénesis y metástasis en el 20 % de todos los cánceres humanos. Dentro de la oncología pediátrica, los cánceres hematológicos y los sarcomas se caracterizan por numerosas fusiones potenciales. Por lo tanto, la detección de fusiones de genes es crucial para un diagnóstico y pronóstico exactos y para determinar objetivos terapéuticos.

Con este fin, los investigadores del Centro Princesa Máxima de Oncología Pediátrica (Utrecht, Países Bajos), realizaron por primera vez la secuenciación de ARN en una cohorte de validación de 24 muestras con un evento de fusión de genes conocido, después de lo cual se llevó a cabo un estudio panpediátrico prospectivo. Se analizó una cohorte de cáncer de 244 muestras mediante secuenciación de ARN en paralelo a los procedimientos de diagnóstico existentes. Esta cohorte incluyó neoplasias malignas hematológicas, tumores del SNC, tumores sólidos y muestras sospechosas de neoplasias.

Esta amplia encuesta fue posible gracias a la apertura del Centro Princesa Máxima de oncología pediátrica en 2018. Este hospital de investigación es donde se trata a todos los niños con cáncer en los Países Bajos.

Los investigadores identificaron una fusión de genes clínicamente relevante en 83 de 244 casos en la cohorte prospectiva. Sesenta fusiones se detectaron mediante técnicas de diagnóstico de rutina y secuenciación de ARN, y una fusión se detectó solo en diagnósticos de rutina, pero 24 fusiones adicionales se detectaron únicamente mediante secuenciación de ARN. La secuenciación de ARN, por lo tanto, aumentó el desempeño diagnóstico en un 38 %-39 %. Además, la secuenciación del ARN identificó a ambos genes asociados involucrados en la fusión de genes, en contraste con la mayoría de las técnicas de rutina.

El autor principal, el Dr. Bastiaan Tops, jefe del laboratorio de diagnóstico del Centro Princesa Máxima de Oncología Pediátrica, dijo: “La secuenciación del ARN ya se usaba antes, pero solo en niños que estaban muy enfermos y para quienes el tratamiento estándar había dejado de funcionar. En nuestro entorno hospitalario de investigación en el Centro Princesa Máxima, hemos implementado la secuenciación de ARN en los diagnósticos estándar. Nuestro nuevo estudio muestra que este enfoque está dando sus frutos. Debido a que podemos observar el panorama genético completo del tumor de un niño en el momento del diagnóstico, podemos analizar las posibles consecuencias del tratamiento con el médico del niño de inmediato. Eso significa que podemos ofrecer a los niños con cáncer las mejores oportunidades, con base en los últimos conocimientos científicos”.

El estudio se publicó en la edición en línea del 27 de enero de 2022 de la revista JCO Precision Oncology.

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Centro Princesa Máxima de Oncología Pediátrica