Nuevo método identifica virus en tumores en un ensayo de secuenciación genómica clínica de rutina

Sin embargo, la detección de virus es limitada en la práctica clínica actual. La detección universal de virus no es técnica o fiscalmente viable porque las técnicas actuales de atención estándar son uniplex, costosas y tienen flujos de trabajo desafiantes. Los investigadores ahora han desarrollado un método para detectar virus con precisión a partir de la secuenciación clínica de próxima generación y describen asociaciones novedosas entre tumores y virus específicos que justifican una mayor investigación. Esta información hace que sea más factible considerar el estado viral en los protocolos de tratamiento.

Investigadores del Centro de Cáncer Memorial Sloan Kettering (Nueva York, NY, EUA) desarrollaron una técnica de sustracción digital, que elimina células del genoma humano del análisis de secuenciación para identificar la presencia de ADN viral como un proceso de control de calidad (QA). Esta técnica bioinformática no requiere secuenciación adicional y la detección de virus se puede lograr con un costo adicional mínimo. Sus resultados fueron comparables a los métodos clínicos estándar para la identificación de virus tumorales.

El estudio es el más grande y completo sobre la detección del virus de ADN humano en el cáncer. Utilizó datos recopilados desde enero de 2014 hasta octubre de 2020 de 48.148 tumores sólidos secuenciados por un ensayo de perfilado de tumores aprobado por la Administración de Alimentos y Medicamentos de los EUA para pacientes con tumores sólidos avanzados. Un algoritmo BLAST (herramienta básica de búsqueda de alineación local) comparó las lecturas de secuenciación no humanas (no mapeadas) presentes en los tumores con todos los virus humanos de la base de datos de virus del Centro Nacional de Información Biotecnológica. Los investigadores validaron sus resultados con múltiples métodos a través de tipos de tumores y especies de virus y encontraron que su método tiene una sensibilidad comparable para detectar virus de papiloma humano (VPH) de alto riesgo y virus de Epstein Barre (VEB) a métodos de amplificación e hibridación in situ clínicamente validados.

Luego, los investigadores ampliaron el análisis para descubrir nuevas asociaciones entre tumor y virus. Las asociaciones no informadas previamente entre el virus del herpes humano (VHH)6 en el neuroblastoma y el VHH7 en el cáncer esofagogástrico se validaron mediante un conjunto de datos independiente. También encontraron una nueva asociación entre VPH42 y adenocarcinoma papilar digital. En comparación con realizar laboriosos ensayos de descubrimiento de un solo virus, tener acceso a los datos para el descubrimiento solo mediante el análisis de datos permite que los recursos se dediquen a investigar el papel que los virus podrían desempeñar en la oncogénesis y para la consideración de terapias basadas en virus.

"Decidimos observar los tipos de tumores que comúnmente se asocian con un virus y, en casi todos los casos, la herramienta de control de calidad detectó el virus que esperábamos", explicó el investigador principal Chad M. Vanderbilt, MD, Departamento de Patología y Departamento de Laboratorio de Medicina, Centro de Cáncer Memorial Sloan Kettering, Nueva York, NY, EUA. "Con este hallazgo alentador, decidimos refinar el método como una línea de detección de microbiomas y ampliar el análisis para ver qué tan bien funciona el método para detectar virus clínicamente relevantes y descubrir relaciones inesperadas entre virus y tumores".

"Los hallazgos de este proyecto respaldan aún más la importancia de estudiar el papel del microbioma en la enfermedad, mientras que el método utilizado en este estudio es portátil para laboratorios más pequeños", dijo la coinvestigadora Anita S. Bowman, MS, Departamento de Patología, Centro de Cáncer Memorial Sloan Kettering, Nueva York, NY, EUA. “En el acelerado mundo de la oncología, la identificación efectiva de estas relaciones tumor-virus se suma a la base de conocimientos colectivos y también puede conducir a mejores opciones terapéuticas. En última instancia, comprender la tumorigénesis después de una infección viral ayudará a lograr nuestro objetivo compartido de salvar vidas”.

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Centro de Cáncer Memorial Sloan Kettering