Genómica basada en la ascendencia avanza el pronóstico de precisión del cáncer

La predicción de la supervivencia en cánceres comunes sigue siendo imprecisa a pesar del uso generalizado de la secuenciación tumoral para guiar el tratamiento. Persisten las disparidades en los resultados entre las poblaciones de pacientes, y los factores genómicos que las originan no se conocen completamente.

La integración de la genómica basada en la ascendencia con el contexto ambiental podría mejorar la estratificación del riesgo para laboratorios y oncólogos. Investigadores informan ahora que la combinación de la ascendencia genética con datos de secuenciación tumoral mejora la predicción de la supervivencia en varios tipos de cáncer.

En el Centro de Ciencias de la Salud de la Universidad de Texas en Houston (UTHealth Houston), los investigadores desarrollaron un sistema de puntuación basado en mutaciones para estimar el riesgo de mortalidad y, posteriormente, evaluaron si la inclusión de información sobre la ascendencia mejoraba su rendimiento.

El análisis se basó en datos de secuenciación genética de más de 30.000 pacientes tratados en dos importantes centros oncológicos estadounidenses: Dana Farber (Boston, MA, EE. UU.) y MD Anderson (Houston, TX, EE. UU.). Se incluyeron cinco tipos de tumores: cáncer de mama, colorrectal, glioma, páncreas y pulmón.

Se analizaron cerca de 1.900 mutaciones tumorales, ajustando por nivel socioeconómico y contaminación atmosférica para minimizar los factores de confusión. La puntuación derivada de las mutaciones predijo la supervivencia con especial precisión en el cáncer de mama y el glioma. La incorporación de información sobre la ascendencia mejoró aún más la predicción, observándose las mayores mejoras en el cáncer de páncreas.

El equipo identificó docenas de mutaciones que variaban significativamente según la ascendencia, de las cuales aproximadamente la mitad son susceptibles de tratamiento con terapias existentes. Entre los ejemplos se incluyeron el enriquecimiento de alteraciones en CDK6 en pacientes afroamericanos con cáncer de mama y la pérdida de SMAD2 en pacientes estadounidenses con cáncer colorrectal y ascendencia mixta.

Los autores señalan que la ascendencia puede inferirse a partir de la secuenciación rutinaria de tumores y que la exposición a factores ambientales puede estimarse a partir del lugar de residencia, lo que significa que no serían necesarias pruebas adicionales ni costes extra; la principal dificultad reside en integrar estos elementos en los flujos de trabajo clínicos.

El trabajo se presentó en la conferencia anual de la Sociedad Europea de Genética Humana (ESHG), y los investigadores planean ampliar los análisis a otros tipos de cáncer y factores como el tabaquismo, al tiempo que buscan replicar los resultados en otras cohortes.

“Fue muy alentador observar señales consistentes relacionadas con la ascendencia que se replicaron entre nuestros dos biobancos, a pesar de las diferencias geográficas y demográficas entre ellos”, afirmó Yixuan He, profesora adjunta de epidemiología en el Centro de Ciencias de la Salud de la Universidad de Texas en Houston.

“Al identificar marcadores genéticos específicos vinculados a la ascendencia, podemos determinar mutaciones susceptibles de tratamiento para ayudar a los médicos a utilizar tratamientos con mejores resultados de supervivencia. Al validar estas señales en diferentes poblaciones, podemos garantizar que un tratamiento en particular se adapte y sea eficaz en una amplia gama de pacientes”.

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