Evalúan análisis dúplex ddPCR para Salmonella y Shigella

La salmonelosis fue la segunda infección gastrointestinal más común en humanos en la Unión Europea en 2018. Shigella spp fue la segunda causa principal de mortalidad por diarrea entre todas las edades en 2016 a nivel mundial, con 212.438 muertes.

Se han utilizado ampliamente varias técnicas de detección de ácidos nucleicos en la búsqueda de patógenos diarreicos. La PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) es una de las técnicas más utilizadas en este sentido, y el ciclo de cuantificación (Cq) de la qPCR es predictivo de la cantidad de objetivo de entrada. Se evaluó un ensayo de PCR digital de gotitas dúplex (ddPCR) dirigido a los genes fimY de Salmonella e ipaH de Shigella.

Los especialistas en enfermedades infecciosas del Centro Chino para el Control y la Prevención de Enfermedades (Beijing, China) y sus colegas, analizaron 362 muestras de heces mediante los ensayos ddPCR dúplex y qPCR simpleplex, incluidas 187 muestras diarreicas y 175 no diarreicas. Primero realizaron un estudio piloto con 52 muestras de heces caracterizadas (36 diarreicas y 16 no diarreicas) recolectadas en Shanghái, que habían sido analizadas para Salmonella spp y Shigella spp mediante métodos de cultivo tradicionales. La ddPCR se realizó en un sistema QX200 ddPCR (Bio-Rad Laboratories, Hércules, CA, EUA). Para los ensayos de qPCR singleplex, la amplificación y la detección se realizaron con un sistema LightCycler 96 (Roche, Indianápolis, IN, EUA).

Los científicos informaron que el ensayo de ddPCR dúplex mostró una buena linealidad en el rango de 5,3 × 100 a 1,24 × 105 copias/reacción para Salmonella y de 1,9 × 100 a 1,84 × 105 copias/reacción para Shigella. Cuando se analizó con muestras de heces enriquecidas, el límite de detección y el límite de cuantificación fueron 550 y 5500 UFC/mL de muestra de heces para Shigella, respectivamente; mientras que ambos fueron de 1.0×104 UFC/mL de muestra de heces para Salmonella. Entre 362 muestras de heces, se detectaron más muestras como positivas mediante ddPCR que mediante qPCR. La carga de Salmonella fue significativamente mayor en las muestras diarreicas que en las muestras no diarreicas. Determinado por el análisis de características operativas del receptor, el valor de corte óptimo fue de 1,25 × 104 copias/mL de muestra de heces para poder diferenciar entre infecciones sintomáticas y asintomáticas por Salmonella.

Los autores concluyeron que la ddPCR detectó más infecciones por Salmonella y Shigella y que la prevalencia de estas dos bacterias puede haberse subestimado en el pasado. El estudio fue publicado el 23 de abril de 2022 en la revista International Journal of Infectious Diseases.

Enlaces relacionados:
Centro Chino para el Control y la Prevención de Enfermedades
Bio-Rad Laboratories
Roche