Científicos crean herramienta nueva importante para desarrollar tratamientos y vacunas contra la COVID-19

Los biólogos estructurales de la Facultad de Medicina de la Universidad de Virginia (Charlottesville, VA, EUA) desarrollaron una herramienta nueva para ayudar a los científicos biomédicos que trabajan con COVID-19 a comprender mejor el virus y sentirse seguros acerca de los modelos estructurales que utilizan en su investigación.

Un equipo de los mejores biólogos estructurales de la universidad lideró un equipo internacional de científicos en la investigación de las estructuras de proteínas contenidas en el virus, estructuras que son vitales para el desarrollo de tratamientos y vacunas. El equipo creó un recurso web que proporciona a los científicos una forma fácil de ver el progreso de la comunidad de biología estructural en esta área. También incluye la evaluación por el equipo de la calidad de los modelos individuales y las versiones mejoradas de estas estructuras, cuando eso es posible.

Cuando la amenaza del coronavirus se hizo evidente, los científicos de todo el mundo respondieron a un ritmo sin precedentes para determinar la estructura atómica del virus y sus componentes proteicos. Los investigadores utilizan los modelos estructurales resultantes en una variedad de aplicaciones, que van desde el diseño de medicamentos basado en la estructura hasta la planificación de una variedad de experimentos biomédicos. Por esa razón, es esencial que los modelos atómicos sean lo más exactos posible. Dada la urgencia de la pandemia, la mayoría de estas estructuras se depositan en el Banco de Datos de Proteínas, un depósito global de estructuras macromoleculares, antes de su publicación y revisión por pares.

Los miembros del equipo de la universidad, expertos en validación e interpretación de estructuras, vieron oportunidades para mejorar varios modelos de SARS-CoV-2 utilizando enfoques de refinamiento de vanguardia y crearon el nuevo recurso web que se actualiza con nuevas estructuras cada semana, en sincronía con el Banco de Datos de Proteínas. En algunos casos, el equipo trabajó con los investigadores que generaron la estructura original para garantizar que el sitio contuviera los modelos más exactos. Este equipo tiene una larga experiencia en la corrección de modelos estructurales biomédicamente importantes, por ejemplo, en el campo de la resistencia a los antibióticos.

“Hemos analizado cuidadosamente los modelos disponibles de proteínas SARS-CoV-2 y presentamos los resultados con el objetivo de ayudar a la amplia comunidad biomédica. Los modelos estructurales son, en última instancia, la interpretación de los investigadores originales y, a veces, son subóptimos. Es por eso por lo que un segundo par de ojos para validar estructuras importantes es tan crucial”, dijo Wladek Minor, del Departamento de Fisiología Molecular y Física Biológica de la UVA.

“En la mayoría de los casos, solo se pudieron sugerir correcciones menores. Sin embargo, en varios casos, las revisiones fueron significativas, especialmente en el área sensible de los complejos de proteína-ligando que son críticos para la investigación de seguimiento, como el trabajo de descubrimiento de fármacos. La crisis de salud actual exige que todas las estructuras de SARS-CoV-2 sean de la mejor calidad posible”, agregó Minor.

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Facultad de Medicina de la Universidad de Virginia