Paneles genéticos como alternativa para secuenciación de todo el genoma

Alrededor del 10% de las mujeres con una historia personal o familiar de cáncer de mama o de ovario tienen al menos una mutación genética, que haría que los médicos les recomienden cambios en su cuidado.

La secuenciación múltiple de genes está entrando en la práctica, pero su valor clínico es desconocido y esto ahora se ha evaluado mediante el estudio de la realización de un panel personalizado, de secuenciación de ADN de la línea germinal, para la evaluación del riesgo de cáncer en una muestra clínica representativa.

Los científicos de la Facultad de Medicina de la Universidad de Stanford (CA, EUA) recogieron muestras de sangre de 198 mujeres que se hicieron las pruebas para los genes de cáncer de mama 1, de inicio temprano, (BRCA1) y BRCA2 entre 2002 y 2012. Los paneles de genes permitieron que los científicos aprendieran las secuencias de varios genes de forma simultánea usando una única muestra de sangre. La técnica se centra generalmente en menos de 100 de los aproximadamente 21.000 genes humanos.

La secuenciación se realizó en el laboratorio InVitae (San Francisco, CA, EUA), un laboratorio clínico aprobado según la ley de mejoras de los laboratorios clínicos (CLIA). Se construyeron bibliotecas de secuenciación utilizando el protocolo SureSelectXT (Agilent, Santa Clara, CA, EUA) y fueron cuantificadas con el kit de cuantificación de Bibliotecas KAPA Biosystems (Woburn, MA, EUA). Estos pasos se llevaron a cabo de forma automatizada utilizando la plataforma automatizada de manejo de líquidos Agilent Bravo. Las bibliotecas cuantificados fueron secuenciadas en la plataforma MiSeq (Illumina; San Diego, CA, EUA) utilizando la configuración 2 × 151 pb hasta un cubrimiento de por lo menos 400 × de promedio de cobertura.

De las 198 mujeres, 57 portaban mutaciones en BRCA1/2, y el equipo encontró que 14 de las 141 mujeres sin mutación en BRCA1/2 tenían mutaciones clínicamente viables en uno de los 42 genes evaluados por el panel. Una mutación viable es una variación genética correlacionada con suficiente fuerza a un aumento en el riesgo para que los médicos recomienden un cambio en la atención de rutina, como el aumento de la frecuencia en los exámenes para las portadoras. El cribado con paneles genéticos no significa, sin embargo, que se elimina el problema de las variantes de significado incierto. Este término se utiliza cuando una secuencia de gen se desvía de la de consenso, pero el efecto clínico del gen es desconocido. Cada una de las 141 mujeres en el estudio tenía alrededor de dos variantes de significado incierto en los 42 genes estudiados.

James Ford, MD, uno de los autores principales del estudio, dijo: “Es una pendiente resbaladiza en el momento. Tenemos que saber la prevalencia de estas mutaciones asociadas al cáncer en la población general. También tenemos que ser conscientes de que, al menos por un tiempo, es muy probable que todas las personas tengan una o más variantes de significado incierto. ¿Es esa la información que una persona quiere saber? ¿Es útil? En 10 años, es probable que esto cambie a medida que aprendemos más sobre la importancia clínica de estos cambios”. El estudio fue publicado el 14 de abril de 2014, en la revista Journal of Oncology.

Enlaces relacionados:

Stanford University School of Medicine

InVitae

KAPA Biosystems

Illumina