Se analiza el paisaje genómico funcional de las LMA

La leucemia mieloide aguda es un cáncer de la línea mieloide de células sanguíneas, que se caracteriza por el rápido crecimiento de células anormales que se acumulan en la médula ósea y la sangre e interfieren con las células sanguíneas normales.

La implementación de terapias dirigidas para la leucemia mieloide aguda (LMA) ha sido difícil debido a los complejos patrones de mutación dentro y entre los pacientes, así como a la escasez de agentes farmacológicos para la mayoría de los eventos mutacionales.

Los científicos de la Universidad de Ciencias y Salud de Oregón (Portland, OR, EUA) utilizaron la secuenciación del exoma, la secuenciación de ARN y/o las pruebas de sensibilidad a fármacos ex vivo para analizar hasta 672 muestras de tumores de 562 pacientes con LMA. Además de identificar mutaciones recurrentes no descritas anteriormente en la enfermedad, descubrieron patrones de respuesta al tratamiento que correspondían a combinaciones de mutaciones específicas o a firmas de expresión génica.

Como parte de un programa llamado Beat AML, el equipo realizó la secuenciación del exoma de extremo pareado en un instrumento Illumina HiSeq 2500 (Illumina, San Diego, CA, EUA) en 622 de las muestras de tumores. También realizaron la secuenciación de ARN en 451 muestras de tumores de 411 pacientes con LMA, y pruebas de sensibilidad a los fármacos con 122 medicamentos en 409 muestras de tumores de 363 pacientes con LMA.

El equipo descubrió perfiles de transcriptoma asociados con frecuentes mutaciones tumorales o subconjuntos de tumores con características citogenéticas específicas, así como combinaciones de expresión génica y de mutación presentes cuando los tumores respondían o no a varios medicamentos. Cuando la resistencia al fármaco fue común en tumores que contenían mutaciones en TP53, NRAS, KRAS, IDH1 o el gen codificador de transcripción ASXL1, observaron que los tumores con mutación IDH2 tendían hacia la sensibilidad a los medicamentos. El análisis del equipo también destacó las sensibilidades específicas de los medicamentos correspondientes a los tratamientos dirigidos, como la MAP quinasa, PIK3C, mTOR o los inhibidores de JAK. Estos y otros datos están disponibles para otros científicos en línea a través de un visor de datos llamado Vizome.

Jeffrey Tyner, PhD, profesor asociado y autor principal del estudio, dijo: "Nuestro conjunto de datos puede ser útil para ver si esa mutación del gen en particular se corresponde con ciertas sensibilidades a los medicamentos. Creemos que este conjunto de datos ayudará a los médicos a resolver esos tipos específicos de preguntas más fácilmente". El estudio se publicó el 17 de octubre de 2018 en la revista Nature.

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Universidad de Ciencias y Salud de Oregón
Illumina