Método de secuenciación para detectar alteraciones genómicas

Un estudio temprano evaluó un método sofisticado de secuenciación genómica que analiza el ADN libre de células (cfADN) en la sangre de personas con cáncer avanzado y ayudará al desarrollo de un ensayo futuro que podría detectar el cáncer en sus primeras etapas.

 

El método de secuenciación utilizado en este estudio tiene una combinación única de amplitud y profundidad: examina una porción considerable del genoma (508 genes) y secuencia de cada ubicación un promedio de 60.000 veces. Esta combinación sin precedentes de amplitud y profundidad, denominada secuenciación de “alta intensidad”, produce unos 100 veces más datos que otros métodos de secuenciación.

 

Los biólogos moleculares del Centro de Cáncer Memorial Sloan Kettering (MSK, Nueva York, NY, EUA) recolectaron sangre de 124 pacientes evaluables con cáncer de mama, cáncer de pulmón de células no pequeñas o cáncer de próstata metastásico. Para confirmar que el método de secuenciación de alta intensidad estaba detectando el ADN desprendido por el tumor, el equipo comparó las alteraciones identificadas en el cfADN con las identificadas en el tejido tumoral de cada persona por MSK-IMPACT (por sus siglas en inglés para el Análisis Integrado de Mutaciones de Objetivos Susceptibles de Procesamiento del Cáncer) una prueba de diagnóstico potente de 410 genes. Esta prueba se desarrolló en el MSK y proporciona información genómica detallada sobre el cáncer de una persona y se utiliza para analizar los tumores de la mayoría de las personas con cáncer avanzado tratados en el MSK. Hasta la fecha, se han secuenciado más de 10.000 tumores utilizando MSK-IMPACT, y estos datos se ponen a disposición de la comunidad científica, más grande, a través de una base de datos desarrollada en el MSK llamado cBioPortal.

 

Los investigadores detectaron 864 alteraciones genómicas clonales y subclonales en muestras de tejido para los tres tipos de tumor, y 627 (73%) de estas alteraciones se encontraron en la sangre. Había una mayor probabilidad de detectar de manera significativa las alteraciones clonales en el cfADN, un que las alteraciones subclonales. En el 89% de los pacientes del estudio, al menos una de las alteraciones identificadas en el tejido tumoral también se encontró en la sangre, en el 97% de las que tenían cáncer de mama metastásico, en el 85% de las que tenían cáncer de pulmón no microcítico y en el 84% para aquellos con cáncer de próstata metastásico. Muchas de las mutaciones susceptibles de procesamiento, detectadas en el tejido, también se detectaron previamente en la sangre (76%).

 

Pedram Razavi, MD, PhD, un oncólogo médico y el investigador principal, dijo: “Los estudios previos en este campo se han centrado principalmente en el uso de conocimientos de secuenciación del tejido tumoral para elegir qué cambios específicos buscar en el ADN libre de células o para cubrir pequeñas porciones del genoma adecuado para la detección de alteraciones que pueden ser susceptibles de procesamiento. Pero en las primeras etapas del cáncer, un médico no necesariamente sabe qué alteraciones debe buscar. Nuestros resultados demuestran que un método de secuenciación de alta intensidad nos permite detectar, con alta confianza, los cambios en el cfADN a través de una gran parte del genoma sin información del tejido tumoral”. El estudio fue presentado en el Congreso Anual de la Sociedad Americana de Oncología Clínica (ASCO) el 3 de junio de 2017, celebrado en Chicago, IL, EUA.