Prueba genética nueva detecta mutaciones en grupos de alto riesgo

Se desarrolló una prueba genética nueva de bajo costo que identificó con exactitud más de 200 variaciones genéticas conocidas en dos poblaciones de alto riesgo: los amish de la antigua orden y los menonitas de la antigua orden del Condado de Lancaster, Pennsylvania.

Durante la última década, las técnicas de secuenciación de ADN han mejorado significativamente para permitir la secuenciación masiva en paralelo de muchas moléculas de ADN simultáneamente. Estas técnicas a menudo se denominan secuenciación de la próxima generación, o NGS, y mejoran rápidamente nuestro conocimiento de la variación genética en humanos. Aunque la NGS es una técnica poderosa, aún existen limitaciones inherentes con estas tecnologías en su capacidad para detectar anomalías cromosómicas, variantes estructurales y variaciones en el número de copias (VNC) dentro de un solo ensayo.

Los científicos asociados con la Clínica para Niños Especiales (CSC; Strasburg, PA, EUA) inscribieron a 63 individuos mediante un registro clínico aprobado por el Comité de Revisión Institucional (IRB) y un protocolo de bancos de muestras. La sangre se recolectó y se extrajo el ADN a partir de 1 a 2 ml de sangre utilizando el Sistema de Aislamiento de Ácidos Nucleicos QuickGene-610L (Autogen, Holliston, MA, EUA). En este momento, este panel genético dirigido solo ha sido validado usando sangre; sin embargo, se ha demostrado que la técnica de preparación de bibliotecas funciona con muestras en papel de filtro seco y saliva.

Se desarrolló un kit personalizado de paneles de genes NGS utilizando la tecnología AMP (ArcherDx Inc., Boulder, CO, EUA). Se seleccionaron ciento sesenta y ocho genes únicos, con un enfoque en 202 alelos asociados con 162 síndromes diferentes. Para evaluar la exactitud de la prueba, el equipo utilizó un método alternativo para validar todas las variantes genéticas. Por ejemplo, compararon 48 muestras con resultados anteriores de la secuenciación del exoma completo y encontraron un 100% de concordancia entre los dos métodos. En total, se detectaron 309 variantes; 273 polimorfismos patógenos de un solo nucleótido (SNP) y pequeños indeles, 35 variantes de número de copias (VNC), de los que 33 se asociaron con una enfermedad conocida y una anomalía cromosómica.

Los autores concluyeron que la implementación de un programa de detección de portadores en toda la comunidad finalmente serviría para múltiples propósitos. Primero, al identificar a las parejas en riesgo y realizar pruebas de diagnóstico en la sangre del cordón umbilical de sus hijos, se puede garantizar que la mayoría de los niños afectados por una enfermedad genética recesiva en estas comunidades se identifiquen como recién nacidos asintomáticos. Para enfermedades como la enfermedad de la orina de jarabe de arce, esta detección temprana disminuye la morbilidad y la mortalidad.

Erik G. Puffenberger, PhD, autor del estudio y director de laboratorio en el CSC, dijo: “Debido a su pequeño número de fundadores comunitarios, las poblaciones Plain a lo largo del tiempo han mostrado tasas de portadores relativamente altas para un pequeño conjunto de enfermedades genéticas. Necesitábamos una metodología para un procedimiento único con el fin de poder evaluar a los individuos para todas las variaciones genéticas conocidas relacionadas con esas enfermedades”. El estudio se publicó el 24 de abril de 2019 en la revista Journal of Molecular Diagnostics.

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