Evalúan la secuenciación del genoma en niños con complejidad médica inexplicable

Los niños con complejidad médica (CMC) tienen al menos una afección crónica, dependen de una herramienta tecnológica como un ventilador o requieren nutrición o medicamentos por vía intravenosa, están bajo el cuidado de múltiples subespecialistas y tienen un uso sustancial de la atención médica.

En conjunto, las enfermedades genéticas raras son una causa importante de morbilidad y mortalidad pediátricas graves. Un diagnóstico genético puede informar el pronóstico, la atención anticipada, el manejo y la planificación reproductiva. La secuenciación rápida del genoma como prueba de primer nivel en las unidades de cuidados intensivos neonatales y pediátricos, se ha asociado con un alto rendimiento diagnóstico y ahorros potenciales en los costos de atención médica.

Un equipo de médicos genetistas del Hospital para Niños Enfermos (Toronto, ON, Canadá) y algunos colegas, reclutaron familias que participaban en un programa de atención compleja estructurada. Después de la revisión de la historia clínica, 143 familias cumplieron con los criterios de elegibilidad y 54 de ellas estaban interesadas y cumplieron con criterios adicionales. Los pacientes eran elegibles si se pensaba que tenían una condición genética subyacente que no había sido identificada mediante pruebas genéticas convencionales. En total, a 138 personas de 49 familias les realizaron la secuenciación del genoma, incluidos 40 tríos de padres e hijos.

La secuenciación del genoma se realizó utilizando métodos establecidos, con ADN de alta calidad extraído de sangre total. En resumen, la preparación de la biblioteca se realizó a partir de 500 ng de ADN utilizando el kit de preparación de bibliotecas de ADN, TruSeq Nano (Illumina Inc, San Diego, CA, EUA), omitiendo el paso de amplificación de la reacción en cadena de la polimerasa, seguido de la secuenciación en un Plataforma Illumina HiSeq X. Las variaciones de un solo nucleótido (SNV) y los indeles se detectaron mediante la Caja de Herramientas de Análisis del Genoma, versión 3.4-46 o versión 3.7 (Broad Institute, Cambridge, MA, EUA).

La secuenciación del genoma detectó todas las variaciones genómicas previamente identificadas mediante pruebas genéticas convencionales. Un total de 15 probandos (30,6%) recibieron un nuevo diagnóstico genético molecular primario después de la secuenciación del genoma. Tres individuos tenían enfermedades nuevas y nueve más tenían condiciones genéticas ultra raras o condiciones genéticas raras con características atípicas. Al menos 11 familias recibieron información de diagnóstico que tuvo implicaciones en el manejo clínico más allá del asesoramiento genético y reproductivo. Una paciente, por ejemplo, tenía una duplicación de un solo exón heredada de la madre en el gen KDM6A en el cromosoma X que causa el síndrome de Kabuki, que no se detectó mediante análisis de microarrays cromosómicos, secuenciación del exoma o una prueba de amplificación de sonda dependiente de ligadura múltiple del gen.

Los autores concluyeron que la secuenciación del genoma tiene una alta validez analítica y clínica y puede resultar en nuevos diagnósticos en los CMC incluso en el contexto de extensas investigaciones previas. Esta población clínica puede estar enriquecida con trastornos genéticos novedosos y muy raros. La secuenciación del genoma es una prueba genética, potencialmente de primer nivel, para los CMC. El estudio fue publicado el 22 de septiembre de 2020 en la revista JAMA Network Open.

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Hospital para Niños Enfermos
Illumina Inc
Broad Institute