Secuencian genoma del enterovirus D68

El Enterovirus D68 (EV-D68) se ha diseminado rápidamente a través de Norteamérica causando enfermedades respiratorias severas en los niños jóvenes, algunos de los cuales requirieron hospitalización.

Las pruebas de rutina de laboratorio no pueden identificar el Enterovirus específico y la mayoría de los hospitales y clínicas sólo pueden llevar a cabo pruebas para determinar si un paciente tiene un virus que se ajusta en líneas generales a la categoría de Enterovirus/rinovirus. Como sólo los laboratorios especializados pueden identificar el virus, solamente se habían identificado y confirmado 594 casos de infección por EV-D68 oficialmente en 43 estados de Estados Unidos y el Distrito de Columbia.

Los científicos de la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington (St. Louis, MO, EUA) analizaron 14 muestras de pacientes que dieron resultados positivos para Enterovirus/rinovirus. Los científicos determinaron la secuencia de codificación completa de una cepa de St. Louis mediante el uso de la secuenciación de alto rendimiento del ácido nucleico proveniente de una muestra clínica. Para evaluar la diversidad de las secuencia en las cepas de EV-D68 que circulan en el área metropolitana de St. Louis, también generaron secuencias parciales del genoma de ocho muestras clínicas adicionales positivas para EV-D68 de la zona inmediata.

Se seleccionó el material residual de un subconjunto de muestras nasofaríngeas positivas para Enterovirus/rinovirus que habían sido analizado usando el Panel Respiratorio Biofire FilmArray (Biofire Diagnostics; Salt Lake City, UT, EUA) para la secuenciación de alta eficiencia. El ácido nucleico total fue extraído de las muestras clínicas mediante el uso del NucliSENS easyMAG (bioMérieux; Marcy l'Etoile, Francia) y se utilizó para hacer bibliotecas de secuenciación doblemente indexadas. Las secuencias de los Enterovirus/rinovirus fueron enriquecidas mediante el uso de un reactivo de captura de secuencia personalizado, NimbleGen, (Roche/NimbleGen, Madison, WI, EUA), que a partir de febrero de 2014 era selectiva para todos los genomas completos de Enterovirus y rinovirus en el GenBank. Los datos de secuencia fueron generados en la plataforma HiSeq 2500 (Illumina; San Diego, CA, EUA).

De las 14 muestras de pacientes analizadas, nueve fueron identificadas como infectadas con el EV-D68 y las cinco muestras restantes eran por otros virus respiratorios. Siete de los nueve pacientes con la cepa EV-D68, tuvieron una enfermedad grave que requirió el ingreso en la unidad de cuidados intensivos pediátricos. Los dos restantes tenían síntomas moderados que solo requirieron una hospitalización general. De los cinco pacientes con otros virus, tres fueron clasificados con enfermedad grave. Los únicas dos pacientes, dados de alta con enfermedad leve, no tuvieron la cepa EV-D68.

Gregory A. Storch, MD, profesor de Pediatría y autor principal del estudio, dijo: “Tener la secuencia del ADN de este virus permite realizar estudios de investigación adicionales. Se puede utilizar para crear mejores pruebas de diagnóstico. También nos puede ayudar a entender por qué esta epidemia parece estar produciendo una enfermedad tan grave e inusual, y por qué se está extendiendo mucho más ampliamente que en el pasado”. El estudio fue publicado el 28 de octubre de 2014, en la revista Emerging Infectious Diseases.

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Washington University School of Medicine
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