SARS-CoV-2 muta para producir variantes nuevas que evaden anticuerpos eliminando selectivamente pedazos pequeños de su secuencia genética

En un patrón recurrente de evolución, el SARS-CoV-2 evade las respuestas inmunes al eliminar selectivamente pequeños fragmentos de su secuencia genética, según una nueva investigación.

Científicos de la Universidad de Pittsburgh (Pittsburgh, PA, EUA), investigaron la historia de detectives científicos comenzando con un solo paciente que descubrió cómo el virus SARS-CoV-2 muta para crear nuevas variantes, incluida la cepa B.1.1.7 del Reino Unido, y escapa a los anticuerpos neutralizantes. Dado que estas deleciones ocurren en una parte de la secuencia que codifica la forma de la proteína spike, el anticuerpo anteriormente neutralizante no puede agarrar el virus. Y debido a que el “corrector de pruebas” molecular que generalmente detecta errores durante la replicación del SARS-CoV-2 es “ciego” para corregir las deleciones, se consolidan en el material genético de la variante.

Desde su investigación, el equipo ha observado cómo se desarrolla este patrón, ya que distintas variantes de preocupación se extendieron rápidamente por todo el mundo. Las variantes identificadas por primera vez en el Reino Unido y Sudáfrica tienen estas deleciones de secuencia. Los investigadores encontraron por primera vez estas deleciones resistentes a la neutralización en una muestra de un paciente inmunosuprimido, que estuvo infectado con SARS-CoV-2 durante 74 días antes de morir finalmente de COVID-19. Eso es mucho tiempo para que el virus y el sistema inmunológico jueguen al “gato y el ratón”, y brinda una amplia oportunidad para iniciar la danza coevolutiva que da como resultado estas mutaciones preocupantes en el genoma viral que ocurren en todo el mundo.

Para confirmar si las deleciones presentes en las secuencias virales de este paciente podrían ser parte de una tendencia más amplia, los investigadores analizaron la base de datos de secuencias del SARS-CoV-2 recolectadas en todo el mundo desde que el virus se propagó por primera vez a los humanos. Cuando comenzó el proyecto, en el verano de 2020, se pensaba que el SARS-CoV-2 era relativamente estable, pero cuanto más examinaba el equipo la base de datos, más deleciones veían y surgía un patrón. Las deleciones siguieron sucediendo en los mismos lugares de la secuencia, lugares donde el virus puede tolerar un cambio de forma sin perder su capacidad para invadir las células y hacer copias de sí mismo.

Entre las secuencias que el equipo identificó con deleciones se encontraba la variante del Reino Unido, o B.1.1.7, que no había despegado en ese momento, pero estaba en los conjuntos de datos. La cepa empezó a aparecer y nadie sabía entonces el significado que llegaría a tener. Pero el análisis del equipo lo detectó de antemano al buscar patrones en la secuencia genética. De manera tranquilizadora, la cepa identificada en el paciente todavía es susceptible de ser neutralizada por el enjambre de anticuerpos presentes en el plasma convaleciente, lo que demuestra que el escape mutacional no es todo o nada. Y es importante darse cuenta de eso cuando se trata de diseñar herramientas para combatir el virus. Aunque el estudio muestra cómo es probable que el SARS-CoV-2 escape a las vacunas y tratamientos existentes, es imposible saber en este momento exactamente cuándo podría suceder.

“Ir tras el virus de muchas maneras diferentes es la forma en que vencemos al cambiaformas”, dijo el autor principal del estudio, Paul Duprex, Ph.D., director del Centro de Investigación de Vacunas de la Universidad de Pittsburgh. “Combinaciones de diferentes anticuerpos, combinaciones de nanocuerpos con anticuerpos, diferentes tipos de vacunas. Si hay una crisis, querremos tener planes de soporte adicionales”.

“Aún no se ha determinado hasta qué punto estas deleciones erosionan la protección”, dijo el autor principal, Kevin McCarthy, Ph.D., profesor asistente de biología molecular y genética molecular en Pitt y experto en virus de la influenza. “En algún momento, tendremos que comenzar a reformular las vacunas, o al menos pensar en esa posibilidad”.

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Universidad de Pittsburgh