Evalúan las terminales dentadas del ADN urinario libre de células para la detección del cáncer de vejiga

El cáncer de vejiga es el desarrollo de un crecimiento de tejido anormal, conocido como tumor, en el revestimiento de la vejiga. En algunos casos, el tumor se disemina al músculo de la vejiga. El síntoma más común del cáncer de vejiga es sangre en la orina, que generalmente es indolora.

Las moléculas de ADN libre de células (ADNlc) en plasma consisten en fragmentos de ADN. Recientemente, se ha centrado mucho interés en los patrones de fragmentación de tales moléculas de ADN. Los tamaños y extremos de los fragmentos, por ejemplo, presentan características nucleosómicas en relación con los tejidos de origen. En comparación con el ADN plasmático, las moléculas de ADNlc urinario presentan un perfil de tamaño diferente; por lo tanto, las moléculas de ADN urinario están mucho más fragmentadas que el ADN plasmático.

Los científicos médicos de la Universidad China de Hong Kong (Shatin, Hong Kong, China) y sus colegas, obtuvieron datos de secuenciación de bisulfito del ADN urinario de un estudio anterior, incluidos 46 pacientes con cáncer de vejiga, todos los cuales eran carcinomas de células uroteliales y 39 participantes de control con hematuria, pero sin cáncer de vejiga detectable. Entre los pacientes con cáncer de vejiga, 37 tenían cáncer de vejiga sin invasión muscular y nueve pacientes tenían cáncer de vejiga con invasión muscular.

El ADNlc urinario se extrajo usando el sistema de purificación de ADN Wizard Plus Minipreps (Promega, Madison, WI, EUA) con la adición de tiocianato de guanidina a la orina antes de mezclarla con resina. Las bibliotecas de ADN se secuenciaron utilizando Illumina HiSeq 2500 o NextSeq 500 con un protocolo de secuenciación de extremos emparejados de 41 pb x 2 (Illumina, San Diego, CA, EUA). La incorporación de citosinas no metiladas durante la reparación de los extremos dentados redujo los niveles de metilación aparentes medidos por secuenciación de bisulfito y se utilizaron para calcular un índice de extremos dentados. Este enfoque se denomina análisis de extremos dentados por secuenciación.

Los investigadores informaron que el índice final irregular del ADNlc urinario era más alto que el del ADN plasmático. El perfil de índice de los extremos dentados del ADN plasmático mostró varios picos principales que oscilaban fuertemente a intervalos de aproximadamente 165 pb (es decir, el tamaño del nucleosoma) y picos menores que oscilaban débilmente con periodicidades de aproximadamente 10 pb. Por el contrario, el perfil del índice de extremos irregulares del ADN urinario mostró picos principales que oscilaban débilmente, pero picos menores que oscilaban fuertemente. El índice de extremos dentados fue generalmente más alto en las regiones de ADN del enlazador nucleosómico. Los 46 pacientes con cáncer de vejiga tenían un índice de ADN urinario con extremos dentados más bajos que los 39 participantes sin cáncer de vejiga. El área bajo la curva para diferenciar entre pacientes con y sin cáncer de vejiga fue de 0,83.

Los autores concluyeron que los extremos dentados representan una propiedad del ADNlc urinario. La generación de extremos dentados podría estar relacionada con estructuras nucleosómicas, con enriquecimiento en regiones de ADN enlazador. Los extremos irregulares del ADN urinario podrían servir potencialmente como un nuevo biomarcador para la detección del cáncer de vejiga. El estudio fue publicado en la edición de abril de 2021 de la revista Clinical Chemistry.

Enlace relacionado:
Universidad China de Hong Kong
Promega