Comparan tres métodos de extracción para detección molecular de patógenos

Se evaluaron tres metodologías, mecánicamente diferentes de extracción de muestras, con respecto a su capacidad de purificar ácidos nucleicos a partir de líquidos de cultivos de sangre.

Los tres métodos fueron columnas de rotación de sílica, fenol cloroformo y una captura magnética automatizada de ADN acomplejado a un polímero, mediante un instrumento Automate Express, que fueron seguidos por análisis de reacción en cadena de la polimerasa para la detección de Staphylococcus aureus.

Científicos en Applied Molecular Testing (Life Technologies, Carlsbad, California, EUA) analizaron los cultivos de sangre con 60 agentes patógenos bacterianos agregados. En días distintos, tres repeticiones de cada una de las alícuotas de la muestra fueron descongeladas y procesadas usando el kit de sangre y tejidos DNeasy (Qiagen, Hilden, Alemania), fenol-cloroformo, o un sistema de extracción de ADN forense, ABI Automate Express.

Los extractos de columnas de sílice requirieron diluciones 100 - 1000 veces para reducir suficientemente los efectos inhibitorios potentes, para la PCR, del anticoagulante polianetolsulfonato de sodio, un aditivo común en los medios de cultivo de sangre. En contraste, las muestras extraídas por fenol-cloroformo o el instrumento Automate Express requirieron poca, o ninguna, dilución, respectivamente, permitiendo una mejora de casi 100 veces en la sensibilidad del ensayo.

El análisis de 60 frascos de cultivo de sangre indicó que las metodologías con fenol-cloroformo (Invitrogen, San Diego, CA) y extracción ABI (Foster City, CA, EUA) podían ser utilizadas para detectar números inferiores de agentes patógenos y que un cultivo en crecimiento de S. aureus podía ser detectado dos horas antes que cuando se utilizaban las columnas de sílice. De las tres metodologías probadas, el instrumento Automate Express tenía el tiempo más corto hasta el resultado requiriendo aproximadamente 80 minutos para procesar 12 muestras.

Los autores concluyen que sus hallazgos subrayan la importancia de considerar el mecanismo cuando se selecciona una metodología de extracción de ADN, ya que ciertos inhibidores de la PCR actúan de una manera similar al ADN en ciertos ambientes químicos determinados, dando lugar a copurification, mientras que otras metodologías usan procesos químicos diferentes que tienen ventajas durante la purificación del ADN de ciertos tipos de muestras. El estudio fue publicado en marzo de 2012 en la revista Journal of Molecular Diagnostics.


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