La secuenciación de una biopsia líquida del LCR permite hacer el seguimiento de la evolución del glioma

El análisis genético tumoral de los gliomas se usa para clasificar la enfermedad y guiar la terapia, pero involucra cirugía cerebral para la recolección del tejido; las biopsias tumorales repetidas pueden ser necesarias para una genotipificación exacta mientras transcurre la enfermedad.

Si bien la detección de ADN tumoral circulante (ctADN) en la sangre de pacientes con tumores cerebrales primarios sigue siendo difícil, la secuenciación del ctADN a partir del líquido cefalorraquídeo (LCR) puede proporcionar una forma alternativa de genotipificación de los gliomas con menor morbilidad y costo.

Un gran equipo de científicos liderado por el Centro de Cáncer Memorial Sloan Kettering (Nueva York, NY, EUA), observaron rastros de gliomas en el LCR al recolectar muestras de 85 pacientes de glioma a quienes previamente les habían practicado una punción lumbar porque mostraron signos o síntomas neurológicos de tumores cerebrales. Los diagnósticos de los pacientes incluyeron 13 gliomas de grado II, 26 gliomas de grado III y 54 gliomas de grado IV. Todos los pacientes recibieron tratamiento para el glioma antes de la recolección del LCR, incluyendo cirugía, radiación y al menos una quimioterapia sistémica dirigida contra el tumor.

Después de extraer 3 mL de LCR de cada paciente a través de una punción lumbar, el equipo centrifugó la muestra con el fin de separar los sedimentos del sobrenadante, que contenía ctADN. Si bien el LCR normal suele contener un recuento bajo de glóbulos blancos, el equipo observó que la inclusión de gránulos diluye la firma del tumor en una muestra. Los investigadores utilizaron el ensayo de secuenciación de próxima generación MSK-IMPACT del MSKCC para analizar muestras de genes relevantes para el glioma. Posteriormente, el equipo procesó los resultados a través de un análisis de bioinformática que incluía un elemento de llamada a la mutación que el MSKCC desarrolló con el MSK-IMPACT.

Los científicos detectaron ADN derivado de tumor en el LCR de 42 de 85 pacientes y encontraron que el material genético estaba relacionado con la carga de la enfermedad y el resultado adverso. También examinaron si las combinaciones de alteraciones genéticas, firmas de glioma de grado inferior, que detectaron en el LCR podrían coincidir con la firma del tumor original. Al secuenciar todas las biopsias de tumores disponibles de 36 pacientes que tenían un ctADN positivo en el LCR, encontraron que las muestras del LCR y de los tumores compartían mutaciones en los 20 pacientes con glioblastomas de tipo salvaje (GBM) que no estaban hipermutados. Las alteraciones más comunes en las muestras incluyeron mutaciones en el promotor TERT, las regiones codificantes de proteínas de TP53, IDH1, deleciones de CDKn2A y CDKN2B, amplificaciones de EGFR y deleción de la variante III de EGFR.

Las alteraciones que se producen al comienzo de la tumorigénesis, como la eliminación conjunta de los brazos del cromosoma 1p y 19q (codelección 1p/19q) y las mutaciones en los genes metabólicos isocitrato deshidrogenasa 1 (IDH1) o IDH2, fueron compartidas en todos los pares tumorales en el LCR positivos para el ctADN apareados, mientras que las vías de señalización del receptor del factor de crecimiento mostraron una evolución considerable. Michael Berger, PhD, coautor del estudio, dijo: “En comparación con otras aplicaciones de biopsias líquidas, el líquido cefalorraquídeo tiene el potencial de permitir una detección más sensible del ctADN porque la mayor parte del ADN libre de células en el LCR proviene de las células tumorales. Hay muy poco ADN de fondo de células no cancerosas, en contraste con el plasma donde a menudo solo una pequeña fracción del ADN libre de células proviene de las células tumorales”. El estudio se publicó el 23 de enero de 2019 en la revista Nature Research.

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Centro de Cáncer Memorial Sloan Kettering