Variantes de línea germinal relacionadas con el sistema inmune predicen el riesgo de recurrencia en el cáncer de seno

Una sola célula normal adquiere aleatoriamente una serie de mutaciones que le permiten proliferar y transformarse en una célula cancerosa (es decir, un clon fundador), que inicia la progresión y recurrencia del tumor.

Las variantes de línea germinal preexistentes proporcionan una restricción profunda en la evolución de los clones y subclones fundadores de tumores y, por lo tanto, tienen un efecto contingente en la composición genética del tumor y presumiblemente en los resultados de los pacientes. Los antecedentes familiares se mantienen como uno de los principales factores de riesgo que contribuyen al cáncer.

Científicos de la Universidad de Calgary (Calgary, AB, Canadá) y sus colegas, obtuvieron datos de secuenciación del exoma completo de cánceres de seno del Instituto Nacional del Cáncer-Genomic Data Commons (NCI GDC). Recolectaron 755 muestras de cáncer de mama con receptores de estrógeno positivos: un conjunto de entrenamiento de 200 muestras, un conjunto de prueba de 60 muestras y dos conjuntos de validación independientes de 200 y 295 muestras. Para determinar las variantes de la línea germinal, utilizaron frecuencias de alelos variantes (VAF) entre el tumor y las muestras sanas. El equipo utilizó su llamado algoritmo eTumorMetastasis para buscar firmas de recurrencia en la línea germinal basadas en secuencias codificantes de proteínas.

Los científicos utilizaron la herramienta eTumorMetastasis, que combina variantes, señalización e información de la red, e inicialmente rastrearon 18 firmas de genes operativos de red (NOG, por sus siglas en inglés), cada una de ellas conteniendo variantes que involucraban docenas de genes. Cuando combinaron estas firmas, a los investigadores se les ocurrió un conjunto de genes de línea germinal unificado que parecía coincidir con la recurrencia en 60 tumores de mama adicionales con receptores de estrógeno positivos. En esas cohortes de validación, los autores informaron que “las variantes de la línea germinal se correlacionan significativamente con la recurrencia del tumor y respaldan su hipótesis de que el panorama genómico original de la línea germinal de un paciente con cáncer tiene un impacto significativo en el resultado clínico”.

Los investigadores señalaron que la estrategia de predicción basada en la variante de la línea germinal se comparó favorablemente con las perspectivas pronósticas que se podían obtener de la prueba Oncotype DX (Genomic Health, Redwood City, CA, EUA), que determina los niveles de expresión para 21 genes en muestras de tumor biopsiadas o extirpadas quirúrgicamente. Descubrieron que los pacientes recurrentes poseían una mayor tasa de variantes de la línea germinal. Además, las variantes de línea germinal heredadas de estas firmas de genes se enriquecieron predominantemente en la función de las células T, la presentación de antígenos y las interacciones de citoquinas, lo que probablemente perjudica la respuesta inmune adaptativa e innata, favoreciendo así un entorno promotor de tumores.

Edwin Wang, PhD, profesor y autor principal del estudio, dijo: “La predicción pronóstica utilizando el paisaje genómico de la línea germinal de un paciente, abre la posibilidad de evaluar el riesgo de recurrencia de los pacientes con cáncer, permitiendo pronosticar mejor la recurrencia del cáncer de manera rápida, conveniente y no invasiva”. Los autores concluyeron que se podría usar la información genómica de la línea germinal para desarrollar pruebas genómicas no invasivas para predecir los resultados de los pacientes en cáncer de seno. El estudio fue publicado el 1 de noviembre de 2019 en la revista NPJ Precision Oncology.

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Universidad de Calgary
Genomic Health