Prueba dirigida de ARN mejora el diagnóstico genético en la secuenciación del exoma

La secuenciación clínica del exoma permite identificar variantes causantes de enfermedades, pero a menudo arroja variantes de significado incierto que dejan a los pacientes sin respuestas definitivas. Determinar si estas variantes alteran la función génica, en particular mediante un empalme de ARN anómalo, sigue siendo un desafío constante en el diagnóstico de rutina.

Un nuevo flujo de trabajo de análisis de ARN dirigido demuestra cómo se puede reducir la incertidumbre derivada de las pruebas de exoma, lo que permite un mayor número de diagnósticos de enfermedades genéticas.

La prueba de ARN ExomeReveal de Ambry Genetics (Aliso Viejo, California, EE. UU.), una empresa de análisis genómicos clínicos y filial de Tempus AI, Inc., forma parte de un enfoque de secuenciación de exomas multiómico descrito en una investigación revisada por pares publicada en Genetics in Medicine Open.

Combinado con la secuenciación de exomas, el flujo de trabajo aplica un análisis de ARN específico de variantes para evaluar los posibles efectos esplicegénicos. Al examinar los genes expresados en la sangre, el método permite una evaluación a nivel de transcripción que puede ayudar a aclarar hallazgos ambiguos basados en ADN.

En el estudio, los investigadores revisaron cerca de 2.000 variantes genéticas únicas identificadas mediante secuenciación del exoma durante cinco años. Se sospechaba que aproximadamente una de cada diez variantes afectaba al empalme del ARN, y más de dos tercios de estas se encontraban en genes expresados en la sangre, lo que las convertía en candidatas idóneas para el análisis de ARN. Finalmente, alrededor del 8 % de todas las variantes cumplieron los requisitos para realizar pruebas de ARN adicionales, y más de un tercio de ellas fueron clasificadas inicialmente como variantes de significado incierto.

Un subconjunto de participantes dio su consentimiento para someterse a pruebas de ARN de seguimiento. Entre las personas que habían recibido resultados inciertos, el análisis de ARN dirigido mejoró la clasificación de la variante para proporcionar un diagnóstico.

Los autores informan que la integración de las pruebas de ARN en los protocolos de diagnóstico es factible y tiene un gran impacto en el caso de las variantes esplicegénicas. También proponen criterios para determinar qué variantes tienen más probabilidades de beneficiarse de las pruebas de ARN, ofreciendo una guía práctica para su adopción en los laboratorios clínicos.

"Las familias merecen respuestas claras, no incertidumbrea', afirmó Tom Schoenherr, director ejecutivo de Diagnóstico de Tempus. "Este estudio demuestra que la combinación de la secuenciación del exoma con las pruebas de ARN dirigidas ofrece esa posibilidad a muchos pacientes que, de otro modo, estarían en la incertidumbre. Estos hallazgos, que tienen implicaciones cruciales para mejorar la atención al paciente, demuestran el impacto significativo que creemos que deberían tener los diagnósticos modernosa".

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