Uso de secuenciación genética para el seguimiento de mutaciones del SARS-CoV-2 puede mejorar la exactitud de las pruebas diagnósticas y la efectividad de las vacunas

Los científicos están rastreando el virus SARS-CoV-2 que causa la COVID-19 mediante la secuenciación del genoma de las muestras de virus recolectadas de las pruebas de diagnóstico. El uso de la secuenciación de próxima generación en el SARS-CoV-2 ayudará a diagnosticar con exactitud el nuevo coronavirus, identificar mutaciones y rastrear su historial.

Un estudio realizado por científicos de la Facultad de Medicina de la UNC (Chapel Hill, NC, EUA) demostró cómo la secuenciación genética de próxima generación puede rastrear mutaciones en el virus SARS-CoV-2, lo que en efecto puede ayudar con el rastreo de transmisión, la exactitud de las pruebas de diagnóstico y la eficacia de la vacuna. Este tipo de control de virus también es importante en las pruebas de diagnóstico. Gran parte de las pruebas desarrolladas para diagnosticar COVID-19 buscan una parte de la secuencia del gen que causa el nuevo coronavirus. Si esa secuencia muta, la prueba ya no es exacta y los resultados se verán afectados.

Su estudio reciente es el más grande que se centra en las comunidades rurales y suburbanas en las que los investigadores pudieron reconstruir el paisaje mutacional de los casos vistos en el Centro Médico de la UNC. Dentro de su estudio, el equipo de científicos encontró variaciones en la secuencia genética del virus, pero afortunadamente ninguna de las variaciones se localizó en la parte del virus objetivo de las pruebas de diagnóstico comunes. Se analizaron 175 muestras de pacientes positivos para COVID-19 confirmados, de los cuales el 57% portaba la variante de la proteína Spike, D614G, observada en estudios similares. La presencia de esta variante se asocia con un mayor número de copias del genoma y su prevalencia se ha expandido a lo largo de la pandemia.

Los investigadores continuarán usando NGS para rastrear el virus SARS-CoV-2 durante el resto de 2020. El objetivo es inscribir a todos los pacientes de los hospitales de la UNC con síntomas respiratorios o de influenza para la realización de pruebas de diagnóstico de COVID-19. Estas muestras serán secuenciadas y compiladas para formar un perfil completo de cualquier virus que porten estos pacientes, información que continuará ayudando a una comunidad de investigadores en su lucha contra el SARS-CoV-2 y los coronavirus potencialmente nuevos.

“Sin embargo, estamos preocupados por las mutaciones futuras”, dijo Dirk Dittmer, PhD, profesor de microbiología e inmunología en la Facultad de Medicina de la UNC y autor principal del estudio. “Es inherente a la naturaleza de un virus mutar. Los cambios en otras áreas de la secuencia genética no solo pueden interrumpir las pruebas, sino también obstaculizar la eficacia de las vacunas”.

“Debido a que solo estudiamos una secuencia de genes para el virus, le hemos dicho a la FDA que monitorearemos continuamente los cambios en esta secuencia de genes para que podamos estar seguros de que nuestra prueba se mantiene confiable”, dijo Melissa Miller, PhD, directora de los Laboratorios de Microbiología y Microbiología Molecular del Centro Médico de la UNC y coautora del estudio. “La NGS nos ayudará a hacer eso”.

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Facultad de Medicina de la UNC