Prueba en sangre para detección rápida de cánceres sólidos

El ADN tumoral circulante (ctADN) es un bioimarcador prometedor para la evaluación, no invasiva de la carga tumoral, pero los métodos de detección existentes tienen una sensibilidad o un cubrimiento insuficiente de los pacientes para tener una aplicabilidad clínica amplia.

Se desarrolló una prueba que puede monitorizar de forma rápida y no invasiva las pequeñas concentraciones de ADN de las células del cáncer y esto será útil para los clínicos que necesitan calcular el tamaño del tumor, la forma cómo éste cambia con el tiempo y controlar la respuesta del paciente al tratamiento.

Científicos de la Universidad de Stanford (Stanford, CA, EUA) encontraron una manera de mejorar los métodos existentes para la extracción, procesamiento y análisis de ADN. El método lo llamaron CAPP-Seq, que es la sigla, en inglés, para el Análisis Personalizado del Cáncer por secuenciación profunda. CAPP-Seq combina los métodos optimizados de preparación de bibliotecas para masas de entrada bajas en ADN, con un método de bioinformática de múltiples fases para diseñar un “selector” que consiste en oligonucleótidos de ADN con biotina dirigidos contra las regiones recurrentemente mutadas en el cáncer de interés. Los investigadores examinaron el genoma de los 407 pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas, reclutados para el estudio.

Se aisló el ADN tumoral apareado de muestras, fijadas en formol e incluidas en parafina o del sedimento celular de los derrames pleurales. El ADN genómico fue cuantificado mediante el Kit de Análisis Quant-iT PicoGreen dsADN (Invitrogen, Carlsbad, CA, EUA). La concentración de ADN purificado, en plasma, fue determinada mediante la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR) usando una máquina HT7900 PCR en tiempo real (Applied Biosystems; Foster City, CA, EUA).

El equipo analizó la sangre de pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas, que incluye a la mayoría de los cánceres de pulmón, como los adenocarcinomas, los carcinomas escamocelulares y los carcinomas de células grandes. CAPP-Seq fue lo suficientemente sensible para detectar una molécula de ADN tumoral entre 10.000 moléculas de ADN de las células sanas en la sangre. Se identificaron 139 genes que representan sólo 0,004% del genoma humano, pero que están recurrentemente mutados en el cáncer de pulmón de células no pequeñas.

Los investigadores fueron capaces de recopilar una huella digital para cada tipo de cáncer formada por todas las mutaciones registradas del ADN y éstas incluyen inserciones o deleciones de pedazos cortos de material genético, además de los sitios en que las secuencias de ADN han sido barajadas o incluso volteadas. Mientras que ningún paciente tendrá todas estas mutaciones, casi todos ellos tendrán al menos una de ellas. Esto hace posible compilar una prueba que busca la mayor cantidad posible de mutaciones conocidas para un cáncer determinado, pero lo único que tiene que hacer es encontrar una de ellas para lograr un resultado positivo.

Maximilian Diehn, MD, PhD, coautor principal del estudio, dijo: “Mediante la secuenciación de sólo aquellas regiones del genoma que están altamente enriquecidas para las mutaciones del cáncer, podemos ser capaces de mantener los costos bajos e identificar múltiples mutaciones por cada paciente. También es posible que pudiésemos usar CAPP-Seq para identificar aquellos subgrupos de pacientes en fase inicial que podrían beneficiarse más del tratamiento adicional después de la cirugía o la radiación, como la quimioterapia o inmunoterapia”. El estudio fue publicado el 6 de abril de 2014, en la revista Nature Medicine.

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